Decyzja o włączeniu danej sprawy do prac Programu Spraw Precedensowych podejmowana jest przez Radę Programową. Rada Programowa jest również odpowiedzialna za kontrolę działań podejmowanych w ramach Programu.

Pierwsze spotkanie Rady Programowej miało miejsce w październiku 2004 r. Członkowie Rady Programowej omówili na nim zakładane cele, metody oraz instrumenty, które będą wykorzystywane w prowadzeniu Programu. Rada Programowa ustaliła, iż w ramach Programu powinny być przede wszystkim prowadzone sprawy, które znacząco mogą zmienić przepisy prawne, ich interpretację lub praktykę orzeczniczą w zakresie ochrony praw człowieka, lub też sprawy mogące istotnie wpłynąć na zmiany społeczne w określonych dziedzinach. Nie zostały ustalone jakieś szczególne ograniczenia co do zagadnień z zakresu ochrony praw człowieka, którymi zajmował się będzie Program.

• Prof. dr hab. Jan Barcz, kierownik Katedry Prawa Międzynarodowego i Prawa UE w Kolegium Prawa Akademii Leona Koźmińskiego w Warszawie, członek Rady Naukowej INP PAN, członek Komitetu Redakcyjnego miesięcznika "Państwo i Prawo";
• Sylwia Chutnik – dziennikarka i działaczka społeczna, kulturoznawczyni, absolwentka Gender Studies na Uniwersytecie Warszawskim; obecnie Prezeska Fundacji MaMa działającej na rzecz poprawy sytuacji matek w Polsce;
• Ewa Don-Siemion – prawnik, członek New York Bar Association oraz American Bar Association, współzałożycielka kancelarii Chajec Don-Siemion Żyto (kancelaria jest partnerem głównym PSP od 2007 r.);
• Maria Ejchart – prawnik, doktorantka na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego, koordynatorka Kliniki „Niewinność” oraz Kliniki Prawo-Medycznej w HFPC;
• dr Hanna Gajewska-Kraczkowska – doktor prawa, docent w Instytucie Prawa Karnego na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego, adwokat;
• Prof. dr hab. Grzegorz Janusz – kierownik Zakładu Praw Człowieka Wydziału Politologii UMCS, członek Komitetu Badania Polonii PAN (2001 - 2004) i Komitetu Badań nad Migracjami Ludności i Polonią PAN (2007 - 2010);
• dr Ireneusz Kamiński – doktor prawa, adiunkt na Wydziale Filozofii Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz adiunkt w Instytucie Nauk Prawnych Polskiej Akademii Nauk, specjalista z zakresu wolności słowa, ekspert Rady Europy; również członek Rady Programowej Obserwatorium Wolności Mediów w Polsce HFPC;
• dr Piotr Kładoczny – doktor prawa, docent w Katedrze Prawa Karnego Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego, koordynator programu „Działania prawne w interesie publicznym” w HFPC;
• Prof. Wiktor Osiatyński – profesor prawa na Central European University w Budapeszcie, członek Rady Programowej Open Society Institute;
• dr Wiesław Staśkiewicz  - doktor prawa, starszy wykładowca socjologii prawa i teorii prawa w Katedrze Filozofii Prawa i Nauki o Państwie Wydziału Prawa i Administracji UW;
• Filip Wejman - LL.M. (Harvard), adwokat, członek redakcji periodyku „Transformacje Prawa Prywatnego”, współzałożyciel Instytutu Prawa i Społeczeństwa INPRIS;
• Prof. dr hab. Roman Wieruszewski - wiceprzewodniczący Rady Naukowej INP PAN, w latach 1998-2000 i 2003-2006 członek Komitetu Praw Człowieka ONZ, obecnie kierownik Poznańskiego  Centrum Praw Człowieka PAN, członek Rady do spraw Uchodźców, ekspert  d/s praw człowieka OBWE;
• Prof. dr hab. Fryderyk Zoll – pracownik Katedry Prawa Cywilnego Wydziału Prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego, autor polskich i zagranicznych publikacji z zakresu prawa prywatnego, redaktor naczelny Transformacji Prawa Prywatnego.