Rada programowa ma za zadanie nakreślić główne kierunki działań i rozwoju programu "Prawa człowieka a rozliczenia z przeszłością". Jej obrady odbywają się co kilka miesięcy, a każde ze spotkań ma konkretne zagadnienia do omówienia. Jednocześnie funkcją Rady jest czuwanie nad pracami i rozwiązaniami merytorycznymi programu.

Rada programowa składa się z czołowych specjalistów w dziedzinie praw człowieka.

Do Rady należą:

•  Halina Bortnowska-Dąbrowska, teolog, publicystka, dziennikarka, redaktor miesięcznika Znak, internowana w czasie stanu wojennego

•  Prof. dr hab. Jerzy Ciemniewski, były sędzia Trybunału Konstytucyjnego, poseł I, II i III kadencji na Sejm RP, członek Rady Naukowej Instytutu Nauk Prawnych PAN